Nagy port vert fel 2014-ben, hogy nyomozók szállták meg a norvég pénzeket kezelő Ökotárs irodáit, hogy a hatóság iratokat, számítógépeket foglaljon le. Lázár Jánosnak az akció előtt és után is kulcsszerep jutott az ügyben. A nagy felhajtást követően azonban az ügyészségi vizsgálat nem tárt fel bűncselekményt.
Mielőtt magyar nyomozók szállták volna meg a Norvég Civil Alapot kezelő Ökotárs irodáit, a magyar kormány nevében Lázár János azzal vádolta meg az alapítványt, hogy az általa finanszírozott szervezetek pártpolitikai, értsd: ellenzéki tevékenységet folytatnak, a jobboldali civil szervezeteket pedig diszkriminálják. Erre hivatkozva a magyar kormány saját ellenőrzése alá kívánta vonni a norvég források kifizetését.
Az ügyből nemzetközi diplomáciai botrány lett, különösen azután, hogy 2014 szeptember 8-án a Nemzeti Nyomozóiroda Korrupciós és Bűnüldözés elleni főosztálya 43 rendőr – nyomozók, technikusok, informatikusok, ellenőrök – részvételével hat helyszínen tartott házkutatást. A rendőrség azt közölte a sajtóval, hogy hűtlen kezelés, és jogosulatlan pénzügyi tevékenység ügyében nyomoznak. A rendőrség nagy mennyiségű iratot és számítógépeket foglalt le, mint kiderült, olyan anyagokat is, amelyeknek semmi közük nem volt a Norvég Civil Alap ügyeihez.
A rendőrségi akció után Lázár János megbízásából a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (KEHI) vizsgálta az ügyet. A kormányzati szerv visszaigazolta a politika igényét, és megállapítása szerint a vizsgált projektek 97 százalékánál szabálytalanságot állapított meg. Emiatt a KEHI feljelentést tett az Ökotárs alapítvány ellen. Majd a Fővárosi Főügyészség 2015 júniusában azt közölte, hogy a norvég pénzek elosztásában résztvevő szervezetek törvényesen működtek, tevékenységük pedig tökéletesen megfelelt a magyar jogszabályoknak. Az öt vizsgált szervezet közül háromnál semmilyen szabálytalanságot nem találtak.
Azonban a KEHI szerint a Fővárosi Főügyészség nem vizsgálta a pénzek elosztásában érintett szervezetet. A Lázár János vezette miniszterelnökség azt közölte, hogy a kormány felügyelete alatt működő Nemzeti Adó-és Vámhivatal nyomozói veszik át az ügy tisztázását. 2015 októberében azonban az adóhivatal is bűncselekmény hiányában zárta le az ügyet, s egyben megszüntette a norvég pénzek elosztását végző konzorcium, és a 17 támogatott civil szervezet ellen indított eljárást. Ennek a tényét azonban nem a kormányzat hivatalos szervei, nem is az állami média hozta nyilvánosságra, hanem az Ökotárs alapítvány tette közzé. Később a Nemzeti Adó- és Vámhivatal Bűnügyi igazgatóságának sajtóosztálya is megerősítette a hírt.
A Norvég Civil Alap ügye lapértesülések szerint végül úgy zárult, hogy bár elvi megállapodás született, de a magyar kormány – egyedüliként az Európai Unióban – ígérete ellenére sem kötött szerződést a neki szánt 214,6 millió euró fejlesztési forrásról. Ettől az összegtől esetek el a magyarországi civil szervezetek.